Organi SGD prema Statutu su: Skupština, Uprava, Nadzorni odbor, Sud časti i Predsednik Društva.
Rukovodstvo SGD čini: Uprava, Nadzorni odbor i Sud časti.
• Osnovna stručna i naučna aktivnost odvija se kroz rad sekcija i komisija:
• Sekcija za stratigrafiju, paleontologiju i tektoniku
• Sekcija za mineralogiju, petrologiju, geohemiju i sedimentologiju
• Sekcija za hidrogeologiju
• Sekcija za inženjersku geologiju
• Sekcija za naftnu geologiju i geofiziku
• Sekcija za ekonomsku geologiju i rudna ležišta
• Sekcija za istoriju geologije
• Komisija za neogen
• Komisija za kvartar
• Komisija za karst
